《薄櫻鬼》講述了動亂的幕末時期，雪村千鶴是在江戶長大的蘭學醫者雪村綱道的女兒.父親綱道原本應該是與女兒分開后在京都工作的。可是父親突然神秘失蹤，因為聯絡不上父親而擔心的千鶴決定女扮男裝前往京都探訪。在那里，她所看見的是，與饑渴地尋求鮮血的妖怪所戰斗并制伏他們的新選組的隊士們。千鶴與新選組結下了奇妙緣分，并因緣際會之下加入了新選組。在搜索失蹤父親的主人公面前，出現了神秘的刺客們，逐漸明朗化地新選組的秘密——羅剎的存在。